本論名曰《金剛頂宗發菩提心論》，為真言宗教相根本經論之一。眾所周知，真言宗的根本經論為《大日經》、《金剛頂經》、《發菩提心論》，此為所謂的「二經一論」，如再加上《蘇悉地經》、《釋摩訶衍論》則有所謂「三經一論」或「三經二論」的說法。本論《金剛頂宗發菩提心論》題名九字之中，「金剛頂宗」即為密宗，「金剛頂宗」與「發菩提心」合言，意謂菩提心（Bodhi-citta）乃我輩修真言行之起點與根本。同時，此論具名《金剛頂瑜伽中發阿耨多羅三藐三菩提心論》，則又進一步指出本論所依之經典乃「金剛頂瑜伽」，即真言宗根本經典之一《金剛頂經》（《金剛頂一切如來真實攝大乘現證大教王經》）；而菩提心實由「金剛頂瑜伽中」（意謂三密相應）所發出，故此論教理合於「金剛界曼荼羅」。此外，依不空之翻譯，此論又名為《瑜伽總持教門說菩提心觀行修持義》，所謂「總持」意謂一字含攝無量理趣，如同地有萬法生出之義，故名為「瑜伽總持」又象徵其理暗合「胎藏界曼荼羅」。

　　綜上所述，《金剛頂瑜伽中發阿耨多羅三藐三菩提心論》與《瑜伽總持教門說菩提心觀行修持義》不同的題名，分別說明了本論實通於《大日經》、《金剛頂經》二經之教相。而就事相而言，這兩種題名又兼攝金、胎兩部曼荼羅的三部諸尊聖眾：「金剛頂」指智（金剛部），瑜伽指理（蓮花部），觀行修持指事（佛部），理、智、事三者亦即法身、般若，解脫三德，故本論實為真言宗教相與事相之總攝。從本論引證諸經，列有《大毘盧遮那經》、《金剛頂瑜伽經》、《大毘盧遮那經．供養次第法》等，其思想融通可見一斑。

　　依傳統分法，佛教有大、小乘之區別，小乘人以「發出離心、修己利行、求成阿羅漢」為目的，大乘人則以「發菩提心、修菩薩行、求成無上菩提」為究竟。通俗地說，「發菩提心」意指「上求佛道（菩提）」的願欲，這在《華嚴經》中稱之為「發心住」：「菩薩摩訶薩初發心住，……發菩提心，求無上智，一向不回。」儘管上求下化、堅定不移的菩提願欲，在修行菩薩道中有其不可或缺的重要性，但可求可得之法，終究是有為法；同時眾生之所以能在修行過程中，不畏艱苦、上求下化，則來自於更根本、更終極的清淨自性。此清淨自性不生不滅，超越時空，無有來今，不假修證而有，不因輪迴而無。清淨自性既然不生不滅，與般若相應，則菩薩行者於求佛道、度眾生的過程中，也就理應「於一切法無所得，是名得菩提」。

　　這兩種菩提心中，前者願求一切佛道之心，謂之「世俗菩提心」，在《發菩提心論》中稱之「行願菩提心」；至於眾生本有之清淨自性，謂之「本淨菩提心」，《發菩提心論》則謂之「勝義菩提心」。菩薩行者透過般若波羅蜜，雖度一切眾生，而實無眾生得滅度者，如此不著於「有」；雖了知緣起如幻，但以大悲心故，仍欣求佛道而無厭疲，如此則不墮於「空」，故而《般若經》謂「一切智智相應作意，大悲為上首，無所得為方便而行」，這也就是《大日經》所說「菩提心為因，大悲為根本，方便為究竟」。上述是對於菩提心的一般理解，在《發菩提心論》中較特別的是，另指出了「三摩地菩提心」：「當知法爾應住普賢大菩提心，一切眾生本有薩埵，為貪瞋癡煩惱之所縛故。」又謂：「為一切有情，悉含普賢之心，我見自心，形如月輪。」三摩地（Samādhi）意為「正定」，在「三摩地菩提心」中，本論指出眾生本具法爾普賢大菩提心，但為煩惱所縛。菩提心周遍法界，以形喻之，當如月輪，故而進一步教授月輪觀，如月輪觀成就，則菩提心當開顯也。

　　本論主要有四個面向，其梗概如下：
一、 先介紹真言宗的發心，以直登佛地為宗旨。
二、 次詳論菩提心行相，以行願、勝義、三摩地三門為主軸。
1.行願以菩提行，利益及安樂無餘有情界為戒。
2.勝義以深觀一切法無自性為莖，支撐菩薩行之所依止。
3.三摩地則以月輪觀、阿字觀及五相成身觀引出菩提心精湛妙有內容。
真言宗是依據大日如來本具佛性無量功德內容開展而演繹，透過《金剛頂經》和《大日經》及經變圖：金剛界、胎藏界兩部曼荼羅來介紹生命與法界。小則可以比擬自身本具無量智慧與功德，大則指法界一切有情、無情互相供養的表法。
三、 再問二乘人與真言行者之差別，令吾等更加肯定修三摩地真言行方得迅疾契發菩提心，亦即大日如來自性身、受用身、變化身、等流身四種法身。
四、 以讚菩提心能自心尋求菩提而即身成佛作為總結。