曼荼羅舊譯為「壇」，指「方壇」或「圓壇」而言。印度作壇之法，積土使表面平坦，上以大白牛糞塗固，七日作壇，嚴肅周到，在其表面描繪佛身，如法禮讚，布置圖繪器物，莊嚴壇所。今新譯「圓輪具足」，乃曼荼羅本質上的意譯，表明一切眾生本有之淨菩提心，具足佛之功德，並無少欠。故在壁上或絹上或紙上，圖繪佛菩薩一定之式樣，而稱之為曼荼羅。所以一般通稱之曼荼羅，乃指圖畫之曼荼羅而言。在眾生自心實相中，大日如來，緣觸機應，分身無數，出現於十方世界，此乃如來萬德中之一德尊身，應緣顯現，決不是存有些微多神教的意義。因所顯現的尊身，祗是如來一德之無盡加持身而已。所以曼荼羅，是以大日如來為中心的組織湊合。弘法大師『吽字義』云：「塵剎海會，即是我寶」。此說明凡夫之淨菩提心中，完全具足一切功德，有如曼荼羅圖上所顯現。

此等圖繪所表現之曼荼羅，真言密宗最為尊重。對兩部曼荼羅廣施禮拜。所謂兩部者，即金剛界曼荼羅，與胎藏法曼荼羅也。象徵理念之世界者，胎藏法曼荼羅是也。表現自覺之境地者，金剛界曼荼羅是也。若分別言之，金剛界曼荼羅者，就佛邊而顯如來之智德，此是智曼荼羅，亦名果曼荼羅，亦名修生曼荼羅。至於胎藏法曼荼羅，就眾生邊而示理德，此是理曼荼羅，亦名因曼荼羅，亦名本有曼荼羅。因其各個立場不同，故分為二樣。實則二而一，一而二，兩者一體也。試觀曼荼羅圖繪，象徵智的金剛界曼荼羅，以月輪為主，蓮華居於月輪之中。象徵理之胎藏法曼荼羅，以蓮華為主，月輪居於蓮華之上。月輪中之蓮華者，智中之理也。是乃心即色之義。蓮花上之月輪者，理中之智也。是乃色即心之義。金剛、胎藏，若理、若智，融合不二。不過於其上，顯示一表一裏。金剛胎藏兩部，二而不二，不二而二，斯乃真言密宗之根本義。

胎藏法曼荼羅，乃依大日經而繪製，建立十三大院。現圖曼荼羅中之四大護院，乃四門相向之守護天，故實十二大院也。

一、中臺八葉院：
位於胎藏曼荼羅之中央。大日如來住於中臺，寶幢（東），開敷花王（南），無量壽（西），天鼓雷音（北）之四佛，分處於四方。普賢（東南），文殊（西南），觀音（西北），彌勒（東北）之四菩薩，分處於四隅。四方之四佛，開示大日如來四智之德，四隅之四菩薩，流現四佛對眾生之濟度。此一中臺八葉院，乃胎藏曼荼羅之根本總體，圍繞此中臺八葉院之前後左右十一院，不外將此總體所具之無量德性，加以別開。要而言之，中臺八葉院，乃世間人類八瓣肉團心之心臟象徵。究其本來，則五佛、四菩薩之德性，已在此院具備表現。此乃凡聖不二，我即大日之理的顯示。
二、遍知院：
此院中央繪三角形遍知印，故名遍知院。三角所以表降伏之智德。三世十方諸佛之成正覺，皆由以三角之智火，降伏諸魔，而此智德者，諸佛能生之德，列於佛眼佛母尊，故此院又稱佛眼佛母院，示如來之正覺，無上勝功德，及諸佛能生之功德也。
三、持明院：
此院乃般若菩薩、不動、降三世、大威德、勝三世、之一菩薩四明王合成五尊之五大院也。此五尊之中，般若菩薩者，大日如來之正法輪身。除煩惱而證入大日如來界，非有般若之妙慧不可。行者禮此座尊，示覺母之在胎藏中宿。至於不動、勝三世、二明王，屬佛部；降三世明王、金剛部；大威德明王、蓮花部，皆是教令輪身也。教令輪尊，皆現忿怒身，故此院又名忿怒院。所以稱持明院者，乃忿怒形之四明王，乃大日如來之持明使者。教令輪身受持大日如來之明咒真言，以此度剛強難化之眾生，斯乃持明使者之本誓也。
四、觀音院：
此院以觀自在菩薩為主尊，故為觀音院。三部（佛、蓮、金）之中，屬蓮花部，故又名蓮花部院。此乃觀自在菩薩，無量壽佛，化益眾生之所流現。此院諸尊，乃示大日如來大悲下化之德者也。
五、金剛手院：
此院以金剛薩埵為主尊，故又稱薩埵院。三部之中，屬金剛部，是以又稱金剛部院。對前之觀音院悲門而言，則此乃顯示大日如來之智德者。大日如來大定、大悲、大智、三德，互不相離。故以中臺八葉院為中心，而左右各配以此二院也。
六、釋迦院：
此乃以釋迦如來為主尊，故名釋迦院。但此非指菩提樹下成道之應身釋迦，而是指大日如來所現身釋迦。真言密教，說密教之機類，分出親身濟度之生身釋迦，及變化法身之釋迦。而此院乃表變化法身之釋迦，利益眾生之德也。
七、文殊院：
此院以文殊菩薩為主尊，故名文殊院。示大日如來之妙慧，斷卻一切之戲輪。此之智德，乃對金剛手院實相之智德；（即本有之智德），而表觀照之智德，（即修生之智德）也。
八、除蓋障院：
此院表大日如來除一切蓋障，斷一切煩惱之德用，故名除蓋障院。金剛手院示大智之體，此院乃表大智之用。
九、地藏院：
此院以地藏菩薩為主尊，故名地藏院。表大日如來拔苦與樂之德性。觀音院現大悲之體，此院乃教化眾生，救度惡趣，表大悲之用。
十、虛空藏院：
此院以虛空藏菩薩為主尊，故名虛空藏院。對文殊院之智德而言，此院乃表福德者；大日如來包藏世出世間之福德，應眾生之願望，表自在施與之力用。
十一、蘇悉地院：
此院由虛空藏院開出。蘇悉地梵語譯為「妙成就」，表事業完全順遂成就之德性。福德圓滿之虛空藏菩薩，授與萬德。所以示成就大悲利他之行的力用。
十二、外金剛部院：
外金剛部院者，應稱為胎藏最外之四方曼荼羅方合。（正名胎藏之最外院）。此外院包括印度、中國、在民間所崇拜之諸天善神在內，乃大日如來所流現，以濟度一切雜類。不離十法界之當相，而顯理趣之真際。斯可謂真言密教所具之獨特深義，並非誇言也。

以上乃建立胎藏曼荼羅之大綱的分別說明。現再作總說；對金剛界五部之曼荼羅，則胎藏有三部之曼荼羅。一切諸尊，皆歸三部攝。其中前後四重，歸佛部攝。觀音院、地藏院、乃至北方外金剛部、歸蓮花部攝。金剛手院，除蓋障院，乃至南方外金剛部，歸金剛部攝。十二院合計四百十四尊，但尊數決不限於此。要之，胎藏曼荼羅，乃十法界本具之曼荼羅。大日如來乃中央之主尊。佛界與其餘九界，皆於此繪畫之曼荼羅上，圓滿具足。大日如來之德性，在眾生身中本來之胎藏，已自含藏。豈能離我當體之外，妄去馳求？所以謂：凡夫之肉身，具足十法界之功德，毫無少欠。此乃真言宗之真理趣。